Митрополит Михаило се вратио из прогонства 1889. године. Посебним указом краљевског Намесништва, 28. маја 1889. године Михаило је поново враћен на чело Цркве. Први његов задатак био је да успоегави редовно стање у Цркви. Да би овај циљ остварио било је између осталог нужно изабрати нове епископе и попунити упражњене епархије.

Одступањем напредњачке јерархије остали су само митрополит Михаило и епископи Мојсије и Јероним. Јероним је постављен за нишког епископа, док је Мојсије био постављен за члана Државног савета и није више желео да се врати на епархију. Тако су остале упражњене Жичка и Тимочка епархија. Попуњавање ових епархија отежавала је жеља сада бивших епископа Димитрија и Никанора да се врате на Епархије, у чему су имали подршку министра просвете и црквених послова Андре Николића.

Сукоб око попуњавања Тимочке епархије трајао је више од годину дана. Министар Николић је хтео по сваку цену да се за тимочког епископа постави Димитрије, чему су се одлучно супротегавили митрополит Михаило и епископи Јероним и Сава. Они су на седници Архијерејског сабора 28. јуна 1890. године решили "да се Димитрије на овакав начин не може ни бирати ни узети у састав Сабора".