Јован Рајић је највећи део живота посветио писању богословских дела. Слављен је као велики православни теолог. Пажљивим проучавањем Рајићевих богословских радова видеће се, међутим, да ти радови нису оригинални, већ у великој мери зависни од дела руских теолога, нарочито од Теофана Прокоповича, највећег писца руске схоластичке теологије. Колико је Рајић ценио Прокоповича показао је и тиме што је за боравка у Кијеву ручно преписао сва његова богословска дела.

Године 1759. Рајић је постављен за професора у Покрово - богородичној школи митрополита Павла Ненадовића. Већ тада је, како тврди, имао намеру да напише један школски катихизис. Ту идеју саопштио је митрополиту Ненадовићу, који му је одговорио: "Не требам твога катихизиса. Доста је учити децу тропаром и кондаком, јер у томе се састоји вера и закон".

Тешко је поверовати овом Рајићевом причању, када се зна да је митрополит Ненадовић посебно водио бригу о школама и уложио велики труд на просвети свештенства и народа. Ово казивање је вероватно настало из сукоба Рајића са Митрополитом због кога је Ненадовић имао доста неприлика.